Límites de las deducciones I+D+i en el impuesto de sociedades

España invirtió 23.931 millones de euros en I+D en 2024, un 6,9% más que el año anterior (INE, 2025). Sin embargo, menos del 5% de las empresas que presentan el Impuesto de Sociedades aplican deducciones por I+D+i. Una de las razones principales: el sistema de límites del artículo 39 de la Ley del Impuesto sobre Sociedades resulta complejo. Entenderlo puede marcar la diferencia entre perder deducciones generadas o recuperarlas en efectivo.

¿Cuánto de tu deducción I+D+i puedes aplicar cada año?

El artículo 39.1 de la Ley 27/2014 del Impuesto sobre Sociedades establece un límite conjunto para todas las deducciones del capítulo IV: no pueden superar el 25% de la cuota íntegra, minorada en las deducciones para evitar la doble imposición internacional y las bonificaciones.

Este límite sube al 50% cuando se cumple una condición: que las deducciones por I+D+i (artículos 35 y 36 LIS), correspondientes a gastos del propio ejercicio, superen el 10% de esa cuota íntegra minorada.

¿Qué significa esto en la práctica?

• Si tu empresa genera 200.000€ en deducciones I+D+i pero tu cuota minorada es de 400.000€, el límite general te permite aplicar hasta 100.000€ (25% de 400.000€)
• Si las deducciones I+D+i del ejercicio superan 40.000€ (10% de la cuota de 400.000€), el límite sube a 200.000€ (50% de 400.000€)
• El exceso no aplicado no se pierde: queda pendiente para ejercicios futuros

La cuota de referencia para calcular estos límites es la cuota íntegra menos las deducciones por doble imposición internacional y menos las bonificaciones. No se parte de la cuota líquida final, sino de un paso intermedio en la liquidación del impuesto.

¿Estás dejando deducciones sin aplicar por no calcular bien los límites? Solicita un diagnóstico gratuito y nuestro equipo analizará tu caso.

Deducciones que no puedes aplicar hoy: el carry forward de 18 años

Cuando tus deducciones I+D+i superan el límite del 25% o 50% de la cuota, el exceso no se pierde. El artículo 39.1 LIS permite aplicar las deducciones pendientes en las liquidaciones de los 18 períodos impositivos siguientes al ejercicio en que se generaron.

Este plazo de 18 años es sustancialmente más largo que el de otras deducciones del Impuesto de Sociedades, que generalmente prescriben a los 15 años. El legislador reconoce así el valor estratégico de la inversión en I+D+i.

Cuidado: la obligación de consignar

Desde las consultas vinculantes V1510-22 y V1511-22 de la Dirección General de Tributos (junio de 2022), las deducciones I+D+i solo pueden aplicarse si se consignaron en la autoliquidación del ejercicio en que se generaron. Ya no es posible incluir deducciones "ex novo" en ejercicios posteriores si no figuraban en la declaración original.

El TEAC unificó este criterio en julio de 2025, estableciendo dos escenarios:

• Autoliquidaciones presentadas antes del 24 de junio de 2022: se admite la aplicación ex novo por principio de confianza legítima
• Autoliquidaciones presentadas después: si no se consignó la deducción, solo cabe rectificación de la autoliquidación dentro del plazo de prescripción de 4 años

Esto convierte el seguimiento anual de deducciones generadas en una tarea crítica para cualquier empresa con actividad innovadora. Una deducción no consignada a tiempo es una deducción perdida.

¿Qué pasa si tu empresa no tiene beneficios? La monetización del Art. 39.2

El artículo 39.2 LIS ofrece una vía para empresas que generan deducciones I+D+i pero no tienen cuota suficiente para aplicarlas: el denominado "cheque fiscal" o monetización.

Este mecanismo permite solicitar a la Agencia Tributaria el abono en efectivo de las deducciones no aplicadas, sujeto a las siguientes condiciones:

Requisitos formales:

• Que haya transcurrido al menos 1 año desde la finalización del período impositivo en que se generó la deducción sin que se haya aplicado
• Disponer de un informe motivado vinculante (IMV) emitido por el Ministerio de Ciencia e Innovación que certifique el carácter I+D+i del proyecto
• Destinar el importe monetizado a gastos de I+D+i o a inversiones en inmovilizado afecto a estas actividades (reinversión obligatoria)
• Mantener la plantilla media (o al menos el personal dedicado a I+D+i) durante los 24 meses siguientes al cierre del ejercicio en cuya declaración se solicita la monetización

Límites absolutos de la monetización:

Estos límites se aplican al grupo de sociedades completo según los criterios del artículo 42 del Código de Comercio, no a cada entidad individual.

El descuento del 20%: a cambio de cobrar la deducción en efectivo, se aplica una penalización del 20% sobre el importe monetizado. Es decir, si tienes 100.000€ en deducciones pendientes, recibirás 80.000€.

Compatibilidad con el tipo mínimo del 15%

Una duda frecuente: ¿se puede monetizar si a la empresa le aplica el tipo mínimo de gravamen del 15% (artículo 30bis LIS, vigente desde 2022 para empresas con más de 20 millones de euros de cifra de negocios)?

La consulta vinculante DGT V0308-23 de febrero de 2023 confirmó que sí son compatibles. El proceso es:

1. Calcular la cuota líquida mínima según Art. 30bis
2. Aplicar las deducciones I+D+i pendientes hasta ese suelo
3. Solicitar la monetización del importe que no haya podido deducirse por insuficiencia de cuota

¿Tu empresa genera I+D+i pero no tiene cuota para aplicar las deducciones? Nuestro equipo gestiona la monetización del crédito fiscal I+D con informe motivado incluido.

Ejemplo práctico: pyme industrial con 300.000€ en gastos de I+D

Para visualizar cómo interactúan estos límites, veamos un caso tipo de una pyme industrial:

Datos del ejercicio:

• Gastos de I+D: 300.000€
• Deducción generada (25% base): 75.000€
• Cuota íntegra minorada: 120.000€
• Deducciones I+D+i del ejercicio: 75.000€ (62,5% de la cuota → supera el 10%)

Cálculo del límite:

Esos 15.000€ pendientes pueden aplicarse en los siguientes 18 ejercicios. Si la empresa prefiere liquidez inmediata y cumple los requisitos del Art. 39.2, puede monetizarlos con un descuento del 20%: recibiría 12.000€ en efectivo.

Comparativa neta:

La decisión depende de la situación financiera de cada empresa. Diferir es más rentable si se prevé cuota suficiente a corto plazo. Monetizar es preferible cuando la empresa necesita liquidez o tiene base imponible negativa recurrente.

¿Aplicar, diferir o monetizar? Guía de decisión

En todos los casos, la clave es consignar las deducciones en la autoliquidación del ejercicio en que se generan. Omitir este paso puede hacer que se pierdan definitivamente (resolución TEAC julio 2025).

¿Necesitas una estrategia fiscal personalizada para tus deducciones I+D+i? En Tecnocim Innova llevamos más de 30 años ayudando a empresas industriales. Contacta con nosotros.

Errores frecuentes que hacen perder deducciones

Muchas empresas con actividad innovadora pierden deducciones por errores procedimentales, no por falta de derecho. Los más habituales:

• No consignar la deducción en la autoliquidación del ejercicio de generación. Desde junio de 2022, la Dirección General de Tributos exige que las deducciones figuren en la declaración del año en que se generan. Sin consignación, no hay deducción futura posible
• Dejar prescribir deducciones pendientes. El plazo de 18 años es generoso, pero requiere seguimiento activo. Una empresa que genera deducciones en 2020 y no las aplica ni solicita su monetización antes de 2038 las perderá
• No solicitar el informe motivado vinculante. Sin el IMV del Ministerio de Ciencia e Innovación, la vía de monetización queda cerrada. Además, el IMV proporciona seguridad jurídica frente a posibles inspecciones de la Agencia Tributaria
• Ignorar los límites de grupo. Los topes absolutos de 1M€ (IT) y 3M€ (I+D+IT) se aplican al grupo mercantil completo, no a cada sociedad. Empresas que operan en grupo deben coordinar la aplicación de deducciones entre sus entidades
• Confundir carry forward con prescripción tributaria. El plazo de 18 años para aplicar deducciones I+D+i es independiente del plazo de prescripción de 4 años para rectificar autoliquidaciones

Para profundizar en los porcentajes de deducción y los gastos elegibles, consulta nuestra guía sobre deducciones y bonificaciones en el impuesto de sociedades. Si tu empresa genera deducciones pero no tiene cuota suficiente, el artículo sobre crédito fiscal I+D y monetización detalla el proceso completo.

Siguiente paso

El sistema de límites del artículo 39 LIS no tiene por qué ser un obstáculo. Con la planificación fiscal adecuada, tus deducciones I+D+i se convierten en ahorro real o en liquidez inmediata.

En Tecnocim Innova gestionamos todo el proceso: desde la identificación de actividades deducibles hasta la obtención del informe motivado y la solicitud de monetización. Solicita tu diagnóstico gratuito y te diremos cuánto puede recuperar tu empresa.